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剣道部
基本的な技の習得を中心に稽古していますが、試合前はより実践的な形で稽古をしています。
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水泳部
初心者から上級者まで、「自己ベスト更新」を目標にして、仲間と切磋琢磨しながら練習に励んでいます。
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スケート部
平日は陸トレ中心に基礎体力、氷上では技術の向上をめざしています。夏休みに合宿を実施しています。
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ダンス部
日々の基礎練習を大切にしながら「心に残る作品」創りに励み，全国大会入賞を目指しています。大会作品の他には，文化祭で披露する別ジャンルのダンスにも挑戦しています。
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テニス部
週1回はグラウンド、週2回はコートで練習・トレーニング、うち1回はコーチの指導を受けています。
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バスケットボール部
常にゲームを意識しつつ、基礎基本をしっかりと固めたうえで、実践的なメニューに取り組んでいます。
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バドミントン部
試合で勝つことを目標に、バドミントンの練習に励んでいます。とても仲の良いクラブです。
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バレーボール部
技術の向上を図るとともに、精神力を養い、チーム一丸となって勝利を目指しています。
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ハンドボール部
基礎練習から試合形式の練習まで、大会に向けて日々一生懸命に活動しています。
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陸上競技部
仲間と切磋琢磨し、それぞれの目標を達成するために日々練習に励んでいます。
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科学部
身近で不思議な現象や、興味深い現象について実験や観察をし、考察をしています。植物も育てています。
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演劇部
７月・文化祭・２月 と年３回の公演に向けて、劇やミュージカルなどの練習をします。脚本・小道具なども自分たちで作ります。週２回、講堂などで活動しています。
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音楽部
マーガレット祭などに向けて、各バンドごと週2回程度練習しています。
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器楽部
マーガレット祭に向けて、日々練習に励んでいます。聴く方の心に届く音楽を奏でたいです。
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茶道部
表千家の茶室の作法とお点前のお稽古に励んでいます。マーガレット祭では和風喫茶を出店しお点前を披露します。
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美術部
中学・高校合同で和気藹々と活動しています。文化祭には全員で作り上げた共同制作の作品を展示します。
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文芸部
リレー小説、写生、三題噺などの即興的なものから部誌の刊行など幅広く活動しています。
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競技かるた部
二手に分かれて百人一首の「下の句」が書かれた札を並べ、詠み上げられた歌の札を取る競技です。大会にも出場しています。
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料理研究部
自分たちでレシピを選び、カップケーキ、スフレ、クッキーなどを作っています。
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写真部
学校内・外で撮影を行い、個々の作品作りに取り組んでいます。作品展示もします。
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ハンドベルクワイヤー
礼拝やコンサートで演奏します。一人数個のベルを持ち、グループで協力しながら美しい演奏を目指しています。
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聖歌隊
聖マーガレット礼拝堂建立当初（1932年）より結成された伝統ある聖歌隊です。日々の礼拝、行事、地域に奉仕しています。
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GFS
GFSは、英国から始まった女性による教会の奉仕団体です。現在、世界20カ国以上で活動しています。
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SMIS
世界の隣人と手を取り合い、平和を作り出す者となるために、校外の団体とも協同し活動しています。
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ISG
（インクルーシブ研究会）障がいのある・なしに関わらず、誰もが安心して生活できる社会になるためには何が必要か学び・考え、私たちにできることを行動に移します。